Algo terrible acecha, un gran centro de investigación genética subterráneo dirigido por la Corporación Umbrella, un anónimo conglomerado de bio ingenierí . Un brote viral mortal se produce, y en respuesta una supercomputadora que controla y supervisa la Colmena.
Alice (Milla Jovovich) y Rain (Michelle Rodriguez) deben llevar comandos para aislar el virus que ha acabado con todo el personal de investigación de Umbrell. El equipo pronto descubre, sin embargo, que los trabajadores están realmente muertos. Ahora son voraces zombis, muertos vivientes, y que están rondando la colmena. Una mordedura o arañazo de un muerto causa la infección y peor aún, la transformación instantánea en su tipo. Alicia y la fuerza militar tienen tres horas para completar su misión antes que los zombis amenazen con invadir la Tierra. Para acceder a la Reina Roja, el equipo debe pasar por una serie de obstáculos cada vez más horribles en la colmena como un laberinto. Estos incluyen láseres mortales, perros mutantes y una sala de muestra de los resultados de la investigación experimental del mal de Umbrella. Alice pronto descubre que los muertos vivientes son el resultado espantoso del último proyecto de Umbrella que salió mal.

El virus ha sido erradicado en la ciudad de Raccoon City originado por la corporación Umbrella, mediante un misil nuclear lanzado por el gobierno, Umbrella dejo de existir. Ya han pasado 7 años desde el incidente, pero de pronto en un aeropuerto de USA, un zombi aparece descontrolado, acabando con la paz que había empezado.

Arrasado el mundo por un virus que transforma la gente en muertos vivientes, Alice sigue en la búsqueda de sobrevivientes para llevarlos a un lugar seguro.  Es una batalla sin fin en contra la corporación Umbrella, pero recibirá la ayuda inesperada de un viejo amigo quien le promete refugio, pero al llegar verá que sus esperanzas de vida, son casi nulas.

Uno de los únicos sobrevivientes de una plaga hecha por el hombre une sus fuerzas con un equipo de guerreros privados en un intento por salvar lo que queda de la Tierra, en esta secuela de Resident Evil, la adaptación a la gran pantalla del popular juego de video. En Resident Evil: Apocalypse, Alice (Milla Jovovich) sigue luchando contra los muertos vivientes, en la ciudad de Raccoon.

Esta vez Alice interpretada por Milla Jovovich continuará en su buscada de sobrevivientes, enfrentandose a mayores peligros y volviendonos a cautivar con su rudeza y gran arte en las peleas contra los zombies. Alice escucha sobre una ciudad desinfectada de zombies por lo cual emprenderá su viaje hasta Los Ángeles con la esperanza de que así sea, sin embargo al llegar se vera rodeada de estos muertos vivientes, los cuales han mejorado sus habilidades y son mucho mas peligrosos tanto para ella como para la gente que la acompaña cayendo así en una trampa mortal de la cual saldra ilesa y se acercara mucho mas a la verdad de Umbrella, aquella empresa que la albergo y aquella que hizo que fuera tal como es.