Los amigos del zoológico del Central Park que se encuentran en la isla de Madagascar, están decididos a dejar la isla, con la ayudad de los desquiciados pingüinos reparan un avión abandonado y lo arreglan para que pueda volar de regreso a casa, pero algo sale mal y caen en plena selva de africana. Ahí se encontraran con sus orígenes y verán la diferencia entre la selva natural y la de asfalto.

Mimados y sin tener idea de lo que la vida salvaje es en realidad, cuatro animales de Nueva York se escapan del zoológico de Central Park, sin saberlo, con la asistencia de cuatro pingüinos, y se encuentran en Madagascar, entre un grupo de felices lémures.

Nueva aventura protagonizada por los animales más famosos del Zoo de Central Park -Nueva York- que se sitúa tras los acontecimientos de Park de “Madagascar” y “Madagascar: Escape 2 Africa”. “Merry Madagascar” comienza cuando Papá Noel y su trineo aterrizan de forma inesperada en la isla, causando amnesia a Santa Claus. Ahora corresponderá a Álex, Marty, Melman y Gloria (junto con los cada vez más inventivos Pingüinos) entregar los regalos y salvar la Navidad.

Los cuatro amigos de Madagascar han encontrado una forma de regresar a Nueva York, Ahora harán el trabajo de Papa Noel, ha sido golpeado. Ellos subirán a l trineo  y llevarán un poco de luz  para alegrar la navidad.

Alex, Marty, Melman y Gloria siguen luchando por llegar a casa a su amada Gran Manzana. Su viaje los lleva a través de Europa, donde encuentran la coartada perfecta: un circo ambulante, que se reinventan al estilo de Madagascar, todo por regresar a casa.